Sustav za navodnjavanje mora opskrbiti biljke sa dovoljno vode. U zavisnosti od vode koja je dostupna; sustav za navodnjavanje mora imati:

• sustav za obradu vode,
• sustav filtera,
• sustav za pripremu hranjiva te
• sustav za distribuciju.

Onečišćena voda mora se pročistiti kemijskim tretmanima da bi se elimirali organski i anorganski kontaminenti, povratnom osmozom zbog uklanjanja viška soli. Voda koja sadrži previše organskih kiselina mora biti tretirana ozonskim generatorom. Pročišćavanje vode bilo kojim tretmanom uvjetuje i skladištenje vode u slučaju da nemožemo efikasno snabdijeti biljke vodom tada koristimo dnevno uskladištenu vodu iz rezervoara.

Hranjiva otopina se priprema u pojedinačnim injektorima ili u specijalnim mikserima. Injektori za gnojiva pumpaju točno određenu količinu iz uskladištne otopine hranjiva u glavni vod u svakom ciklusu navodnjavanja. Mikser za hranjiva miješa hranjiva iz rezervoara za hranjiva sa vodom u rezervoarima za mješanje na način da kontrolira vodu nakon pumpanja u glavni vod za snabdijevanje. Na taj način se osigurava korekcija EC i pH. Kemijski sastav hranjiva zavisi od hranjiva koja se koriste u pripremi hranjive otopine. U komercijalnoj proizvodnji koriste se tri rezervoara za otopine hranjiva: A, B i rezervoar sa kiselinom za kontrolu pH.

A rezervoar sadrži kalcij- i dr. nitrate, otopinu željeza. B rezervoar sadrži magnezij -, kalij-, sufat,monokalij fosfat, kompleksna hranjiva i mikroelemente. Omjer bi trebao biti u odnosu 1:100 ili 1:200.

Voda se mora filtrirati prije navodnjavanja sustavom kapanja. Najbolje filtriranje je sa automatskim čeličnim filterima koji su zamjenili pješčane filtere ali se mogu koristiti i drugi filteri. Regulacija količine vode koja može ući u pojedine sekcije plastenika regulira se vetilima za kontrolu protoka čija veličina se određuje prema zahtijevima biljaka za vodom u sekciji plastenika. Maximalna količina vode je 10 l/m2/dnevno a 450 ml/m2/sat u tri obroka po satu. Sustav kapanja osigurava najbolju distribuciju i minimalne gubitke hranjiva, ukoliko svaka biljka ima svoj kapljač. Do kapljača vode cijevčice tzv. emiteri koji mogu isporučiti 1-4 litre vode na sat. Emiteri, cijevi i spojnice (fitinzi) trebali bi biti crne boje da bi se spriječio razvoj algi u sustavu cijevi. Cijeli sustav se regulira mjeračima vremena (timerima), senzorima za svijetlo i tenziometrima. Oni kontroliraju solenoidne ventile i aktiviraju mikser za hranjiva, koji dozvoljava da se samo jedna sekcija plastenika navodnjava u jednom trenutku. (Stijger, 2003). Dnevno može biti od jednog do preko 30 ciklusa navodnjavanja u zavisnosti od starosti biljke, klimatskih uvjeta i godišnjeg doba. Ako se navodnjava sa dovoljno vode u svakom ciklusu onda oko 10-20% se drenira iz sustava.

Obično navodnjavanje započinje 1-3 sata nakon izlaska sunca i trebalo bi završiti 2-4 sata prije zalaska sunca. Jedan obrok navodnjavanja je 200-500 ml/m2/navodnjavanja. Sa velikim obrocima navodnjavanja i smanjenim brojem obroka sadržaj vode u supstratu se smanjuje. Ovo ima utjecaja na hranjiva u mediju i rast biljaka.